В отличие от других городов Тосканы, Сан Миниато не может похвастаться своим древним этрусским или римским происхождением. На вершине холма, на котором был впоследствии возведен город, в 713 году впервые поселились пришельцы с севера – лангобарды, построившие в том же году церковь, посвященную первому флорентийскому святому Миниато (Св. Миниас). В течение Средних Веков Сан Миниато, благодаря своему выгодному географическому положению, превратился в важнейший опорный пункт императорской власти во всей Тоскане. В XIII веке германский император Фридрих II построил здесь замок, который частично сохранился до наших дней. Главным сооружением замка стала высокая дозорная башня, позволявшая контролировать сразу два важнейших торговых пути всей Тосканы – так называемую Франкскую дорогу, ведшую из Северной Европы в Рим, и дорогу, связывавшую Пизу с Флоренцией. По утверждениям местных жителей, с вершины башни в хорошую погоду можно увидеть всю Италию с Запада на Восток, от Тирренского моря до Адриатического. Доверять этому утверждению затруднительно, ведь башня, хоть и стоящая на вершине холма, все равно гораздо ниже Апеннинских гор, разделяющих Тоскану и Эмилию-Романью, но вид с нее действительно открывается очень красивый. В середине XIV века Сан Миньято захватила Флоренция, что значительно упростило впоследствии завоевание флорентийскими войсками Пизы. В 1527 г. вместе с солдатами императора Карла V, незадолго до этого разграбившими Рим, в Сан Миниато пришла эпидемия чумы, от которой погибло практически все население города. Вскоре город был заново заселен флорентийцами. В числе этих переселенцев из Флоренции приехала семья Буонапарте, одним из потомков которой стал Наполеон Бонапарт, неоднократно посещавший свою малую Родину в конце XVIII – начале XIX века.

В наши дни город Сан Миньято знаменит, в первую очередь, проводящимся здесь в последние две недели ноября национальным фестивалем Белого Трюфеля. Этот гастрономический праздник волне заслуженно приобрел за последние годы общеевропейскую известность.